板蓝根比南板蓝根治疗范围更广：国家药典显示，板蓝根主要功效：清热解毒，凉血利咽；南板蓝根主要功效：清热解毒，凉血消斑。板蓝根除和南板蓝根一样针对“瘟疫时毒，发热咽痛，温毒发斑，丹毒”具有功效外，板蓝根还针对“痄腮，烂喉丹痧，大头瘟疫，痈肿”具有良好的功效，而南板蓝根没有。

板蓝根比复方板蓝根治疗效果好：板蓝根所用药材是菘蓝的根，复方板蓝根所用药材是菘蓝的根和菘蓝的叶（大青叶），菘蓝的根比叶成本更高，治疗效果更好。